ヒットの例

イネのアミノ酸配列をクエリにして検索した例です。

Sbjct側が隣接塩基配列からのアミノ酸配列です。隣接塩基配列の3塩基目からヒットしています。このように隣接塩基配列の5'側末端の数塩基以内からヒットが開始している場合、 Tos17がこの遺伝子を破壊しています。この場合は、クエリの387番目のアミノ酸配列に対応する部分に挿入されています。

隣接塩基配列は、ゲノムの塩基配列を読んでいますので、エキソンとイントロンの両方が含まれています。このため、イントロンの部分がマッチしない状態で表示されます。

Sbjctが5'末端(挿入の向きが逆の場合は、3'末端)の数塩基以内から開始しない場合は、Tos17がイントロンの部分に挿入されていることを示しています。このような場合は、ほとんどの場合、転写の過程で挿入されたTos17がスプライシングされるので、表現型の変化は起こりません。

塩基配列をクエリにした場合も基本的には同じです。Sbjctが5'末端(あるいは3'末端)数塩基以内からマッチが始まっていない場合は望み薄です。

 Score =  173 bits (435), Expect(2) = 5e-71
 Identities = 91/121 (75%), Positives = 91/121 (75%), Gaps = 28/121 (23%)
 Frame = +3

Query: 388 IINTFPSCTVFKGTLSSGVEISVVSTAILSLKEWPKSSETCFRKQ--------------- 432
           IINTFPSCTVFKGTLSSGVEISVVSTAILSLKEWPKSSETCFRKQ               
Sbjct: 3   IINTFPSCTVFKGTLSSGVEISVVSTAILSLKEWPKSSETCFRKQVHGFLHVLVGAVNPS 182

Query: 433 -------------IDTLSRVNHKNFINLLGYCLENQPFMRMMVFEYAPNGTLSEHLHLKE 479
                        IDTLSRVNHKNFINLLGYCLENQPFMRMMVFEYAPNGTLSEHLH K 
Sbjct: 183 MLDLR*SPDLLV*IDTLSRVNHKNFINLLGYCLENQPFMRMMVFEYAPNGTLSEHLHRKL 362

Query: 480 F 480
           F
Sbjct: 363 F 365


 Score =  111 bits (274), Expect(2) = 5e-71
 Identities = 50/52 (96%), Positives = 51/52 (97%)
 Frame = +2

Query: 477 LKEFEHLDWAARMRIIMGVAYCLQYMHHDLNPPVAITDMRSDTIFMTDDYAA 528
           +KEFEHLDWAARMRIIMGVAYCLQYMHHDLNPPVA TDMRSDTIFMTDDYAA
Sbjct: 431 VKEFEHLDWAARMRIIMGVAYCLQYMHHDLNPPVAXTDMRSDTIFMTDDYAA 586

お問い合わせは、ゲノム動態研究室 廣近 (hirohiko@abr.affrc.go.jp)、宮尾 (miyao@affrc.go.jp)まで
$Id: hit.html.ja,v 1.3 2005/06/06 07:21:59 miyao Exp $