イネのアミノ酸配列をクエリにして検索した例です。
Sbjct側が隣接塩基配列からのアミノ酸配列です。隣接塩基配列の3塩基目からヒットしています。このように隣接塩基配列の5'側末端の数塩基以内からヒットが開始している場合、 Tos17がこの遺伝子を破壊しています。この場合は、クエリの387番目のアミノ酸配列に対応する部分に挿入されています。
隣接塩基配列は、ゲノムの塩基配列を読んでいますので、エキソンとイントロンの両方が含まれています。このため、イントロンの部分がマッチしない状態で表示されます。
Sbjctが5'末端(挿入の向きが逆の場合は、3'末端)の数塩基以内から開始しない場合は、Tos17がイントロンの部分に挿入されていることを示しています。このような場合は、ほとんどの場合、転写の過程で挿入されたTos17がスプライシングされるので、表現型の変化は起こりません。
塩基配列をクエリにした場合も基本的には同じです。Sbjctが5'末端(あるいは3'末端)数塩基以内からマッチが始まっていない場合は望み薄です。
Score = 173 bits (435), Expect(2) = 5e-71
Identities = 91/121 (75%), Positives = 91/121 (75%), Gaps = 28/121 (23%)
Frame = +3
Query: 388 IINTFPSCTVFKGTLSSGVEISVVSTAILSLKEWPKSSETCFRKQ--------------- 432
IINTFPSCTVFKGTLSSGVEISVVSTAILSLKEWPKSSETCFRKQ
Sbjct: 3 IINTFPSCTVFKGTLSSGVEISVVSTAILSLKEWPKSSETCFRKQVHGFLHVLVGAVNPS 182
Query: 433 -------------IDTLSRVNHKNFINLLGYCLENQPFMRMMVFEYAPNGTLSEHLHLKE 479
IDTLSRVNHKNFINLLGYCLENQPFMRMMVFEYAPNGTLSEHLH K
Sbjct: 183 MLDLR*SPDLLV*IDTLSRVNHKNFINLLGYCLENQPFMRMMVFEYAPNGTLSEHLHRKL 362
Query: 480 F 480
F
Sbjct: 363 F 365
Score = 111 bits (274), Expect(2) = 5e-71
Identities = 50/52 (96%), Positives = 51/52 (97%)
Frame = +2
Query: 477 LKEFEHLDWAARMRIIMGVAYCLQYMHHDLNPPVAITDMRSDTIFMTDDYAA 528
+KEFEHLDWAARMRIIMGVAYCLQYMHHDLNPPVA TDMRSDTIFMTDDYAA
Sbjct: 431 VKEFEHLDWAARMRIIMGVAYCLQYMHHDLNPPVAXTDMRSDTIFMTDDYAA 586